中國農業機械化科學研究院呼和浩特分院有限公司前身是機械工業部呼和浩特畜牧機械研究所，成立于1960年。1998年11月整建制并入中國農業機械化科學研究院，1999年轉制為中央直屬科技型企業。
分院是全國畜牧機械行業技術歸口單位，是國家草原畜牧業裝備工程技術研究中心、國家地方聯合太陽能干燥技術工程實驗室、全國風力機械標準化技術委員會、全國農業機械標準化技術委員會畜牧機械分技術委員會、中國農業機械學會畜牧機械學會和機械工業畜牧機械產品質量監督檢測中心、風力機械產品質量監督檢測中心的掛靠單位。
分院現有從業人員542人，其中各類專業技術人員150人，專業技術人員中高中級專業技術人員79人，其中研究員15人，獲國家特殊津貼專家4人。截止2020年分院共完成科研技術開發項目1056項，擁有專利149項；絕大部分在生產中得到推廣應用，其中獲國家級、省部級等科技成果獎124項，為國民經濟建設和畜牧業機械化做出了突出貢獻。進入“十三五”以來，我院共承擔國家和地方重點科技項目（課題）49項。
進入新世紀以來，分院將繼續實施“市場導向、創新驅動、產品優質、精益管理”增長型發展戰略，把分院建成我國畜牧業裝備行業較好的科學技術研究中心、科技創新成果示范與輻射中心、國際合作與技術交流中心、信息服務中心為提高我國畜牧業綜合生產能力、保障國家食物安全、建設社會主義新農村、新牧區和實現代化畜牧業做出我們應有的貢獻，為我國畜牧業及畜牧機械化的發展再創輝煌。
